A principal diferença é que Desligar tem um carater mais definitivo do que Desativar. 

Um profissional será desativado quando ele se afastar, com perspectiva de possível retorno, por exemplo, quando pretende passar um período fora da cidade, ou quando assumiu uma atividade junto a outro contratante que, durante algum tempo, o impeça de aceitar uma proposta de trabalho.

Já se o profissional se mudou para uma cidade distante e não tem perspectiva de retono, ou ainda se cometeu alguma falha grave na empresa, ele deveria ser desligado, e não desativado.

As duas situações são reversíveis, tanto um como o outro poderão retornar, se nenhuma política da empresa tiver sido desatendida, e tanto os Desativados como os Desligados deixarão de ser exibidos como alternativa no momento de seleção de um profissional para determinada tarefa.

Em ambas as situações o sistema sugere o cancelamento de alocações, seguros, serviços, caso existam.

As principais diferenças são as seguintes:

1. No caso de Cooperativas, é recomendável que sejam devolvidos os valores integralizados das quotas subscritas quando ocorre um desligamento, sendo que o sistema oferece essa alternativa automaticamente. O mesmo não ocorre no caso de desativação.
   
   
2. Para efeito de registro no eSocial, os desativados são tratados como integrantes da empresa e seus cadastros são enviados normalmente, mesmo que ainda não tenham tido qualquer produção. Os cadastros de desligados não são enviados.
   
   
3. Em alguns procedimentos de seleção, o sistema oferece a alternativa de incluir na pesquisa os desativados, pois eventualmente poderão se interessar por retornar, não há porém a possibilidade de inclusão dos desativados.